李富义
基本信息
李富义，男，博士，教授，博士生导师，澳大利亚墨尔本大学医学、牙医与健康科学学院（Faculty of Medicine, Dentistry and Health Sciences, University of Melbourne）荣誉研究员（Honorary Fellow），中国计算机学会（CCF）会员，澳大利亚生物信息学和计算生物学学会（ABACBS）会员，澳大利亚生物化学和分子生物学学会（ASBMB）会员。2020年5月于澳大利亚蒙纳士大学（Monash University）获得博士学位，博士期间师从国际生物信息学专家 Jiangning Song教授和澳大利亚科学院院士、蒙纳士大学抗菌素耐药性研究中心主任Trevor Lithgow教授，毕业后加入澳大利亚墨尔本大学（The University of Melbourne）Peter Doherty感染与免疫研究所担任生物信息学研究员(Level B)。2022年6月起任西北农林科技大学信息工程学院长聘教授。
主要研究方向为机器学习、数据挖掘和生物信息学等。近年来在Nature Communications, Nucleic Acid Research, Bioinformatics, Briefings in Bioinformatics, Genomics Proteomics & Bioinformatics和Molecular Microbiology 等国际知名期刊上发表论文55篇（中科院大类一区26篇），其中有11篇文章被科睿唯安评为高被引文章，2篇为热点文章，Google Scholar总引用次数达到2392次（H-index 36, i10-index 24, 2022年7月）。个人多篇一作文章受到澳大利亚科学院院士Trevor Lithgow教授，Monash数据未来研究所主任Geoff Webb教授（IEEE fellow），京都大学生物信息学中心Tatsuya Akutsu教授等相关领域权威专家的认可与肯定。近年来，研发了二十多款生物信息学数据库、软件和分析平台，这些工具在过去五年内得到了80多个国家和地区的国际用户超过120,000次的使用，这些生物信息学软件已经被发表在包括Cell, PNAS, Nature Chemical Biology和Nucleic Acids Research等国际高水平期刊的研究工作引用1,400余次，产生了较为广泛的影响力。
工作经历
· 2022年06月-至今，西北农林科技大学，信息工程学院，教授
· 2020年09月-2022年06月，澳大利亚墨尔本大学，Peter Doherty感染与免疫研究所，生物信息学研究员
· 2020年05月-2020年09月，澳大利亚蒙纳士大学，生物医学发现研究所（BDI），博士后
· 2020年08月-2020年12月，澳大利亚蒙纳士大学，信息技术学院（FIT），数据科学助教
· 2018年10月-2020年05月，澳大利亚蒙纳士大学，生物医学发现研究所（BDI），生物信息学助研
· 2017年07月-2018年07月，澳大利亚蒙纳士大学，生物化学和分子生物学系，生物信息学助教
荣誉获奖
· 2021年FAOBMB青年科学家奖（Young Scientist Programme award）
· 2020年Monash大学发表论文奖（Postgraduate Publications Award）
· 2020年第十届生物科学，生物化学和生物信息学国际会议最佳报告奖（Best presentation award）
· 2020年国家优秀自费留学生奖学金（全球500名）
· 2016年Monash大学全额奖学金
研究方向
数据挖掘、生物信息学、机器学习。
团队招生信息
课题组诚招具有责任心、学习积极主动和具有较强的自律性的博士后加盟，欢迎硕士和博士生推免报考！有意加盟团队的优秀学者学子，请与我电话、微信（15229251614同号）或邮件联系。
博士生招生专业方向：0828Z2 农业工程
硕士生招生专业方向：0812 计算机科学与技术(学硕）; 0854 电子信息（专硕）; 095136 农业工程与信息技术（专硕）
团队和澳大利亚Monash大学、墨尔本大学、格里菲斯大学、迪肯大学，日本京都大学等国际一流高校保持长期合作开展科学研究，学术资源丰富，能为学生的成才和发展提供强有力的支持和帮助。
团队将为你提供：
· 前往国内外知名大学进行学术交流的资助和机会。团队与很多国际一流的研究团队保持长期合作交流，学生将有机会前往世界一流的大学，如Monash大学、Monash大学苏州校区、墨尔本大学和京都大学等一流研究环境访问交流，从事前沿研究项目，获得有关技术的宝贵经验。
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（2）对数据挖掘、机器学习和软件设计有浓厚兴趣。
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代表性科研论文
1. Li F, Chen J, Leier A, Marquez-Lago TT, Liu Q, Wang Y, Revote J, Smith AI, Akutsu T, Webb GI, Kurgan L, Song J. “DeepCleave: a deep learning predictor for caspase and matrix metalloprotease substrates and cleavage sites”. Bioinformatics. 2020, 36(4), 1057-1065. (IF=6.937, 中科院大类二区（小类一区）, Top期刊, JCR Q1, CCF B类) (Clarivate高被引论文).
2. Li F, Guo X, Jin P, Chen J, Xiang D, Song J, Coin LJM. “Porpoise: a new approach for accurate prediction of RNA pseudouridine sites”. Briefings in Bioinformatics. 2021, 22(6), bbab245. (IF=13.994, 中科院大类一区, Top期刊, JCR Q1, CCF B类).
3. Li F, Chen J, Ge Z, Wen Y, Yue Y, Hayashida M, Baggag A, Bensmail H, Song J. “Computational prediction and interpretation of both general and specific types of promoters in Escherichia coli by exploiting a stacked ensemble-learning framework”. Briefings in Bioinformatics. 2021, 22(2), 2126-2140. (IF=13.994, 中科院大类一区, Top期刊, JCR Q1, CCF B类) (Clarivate高被引论文).
4. Li F, Li C, Marquez-Lago TT, Leier A, Akutsu T, Purcell AW, Smith AI, Lithgow T, Daly RJ, Song J, Chou KC. “Quokka: a comprehensive tool for rapid and accurate prediction of kinase family-specific phosphorylation sites in the human proteome”. Bioinformatics. 2018, 34(24), 4223-4231. (IF=6.937, 中科院大类二区（小类一区）, Top期刊, JCR Q1, CCF B类).
5. Li F, Li C, Wang M, Webb GI, Zhang Y, Whisstock JC, Song J. “GlycoMine: a machine learning-based approach for predicting N-, C-, and O-linked glycosylation in the human proteome”. Bioinformatics. 2015, 31(9), 1411-1419. (IF=6.937, 中科院大类二区（小类一区）, Top期刊, JCR Q1, CCF B类).
6. Li F, Dong S, Leier A, Han M, Guo X, Xu J, Wang X, Pan S, Jia C, Zhang Y, Webb GI, Coin LJM, Li C, Song J. “Positive-unlabeled learning in bioinformatics and computational biology: a brief review”. Briefings in Bioinformatics. 2021, 23(1), bbab461. (IF=13.994, 中科院大类一区, Top期刊, JCR Q1, CCF B类).
7. Li F, Fan C, Marquez-Lago TT, Leier A, Revote J, Jia C, Zhu Y, Smith AI, Webb GI, Liu Q, Wei L, Li J, Song J. “PRISMOID: a comprehensive 3D structure database for post-translational modifications and mutations with functional impact”. Briefings in Bioinformatics. 2020, 21(3), 1069-1079. (IF=13.994, 中科院大类一区, Top期刊, JCR Q1, CCF B类).
8. Li F, Leier A, Liu Q, Wang Y, Xiang D, Akutsu T, Webb GI, Smith AI, Marquez-Lago TT, Li J, Song J. “Procleave: Predicting Protease-Specific Substrate Cleavage Sites by Combining Sequence and Structural Information”. Genomics, Proteomics & Bioinformatics. 2020, 18(1), 52-64. (IF=7.691, 中科院大类一区, Top期刊, JCR Q1).
9. Li F, Wang Y, Li C, Marquez-Lago TT, Leier A, Rawlings ND, Haffari G, Revote J, Akutsu T, Chou KC, Purcell AW, Pike RN, Webb GI, Smith AI, Lithgow T, Daly RJ, Whisstock JC, Song J. “Twenty years of bioinformatics research for protease-specific substrate and cleavage site prediction: a comprehensive revisit and benchmarking of existing methods”. Briefings in Bioinformatics. 2019, 20(6), 2150-2166. (IF=11.622, 中科院大类一区, Top期刊, JCR Q1, CCF B类).
10. Li F, Zhang Y, Purcell AW, Webb GI, Chou KC, Lithgow T, Li C, Song J. “Positive-unlabelled learning of glycosylation sites in the human proteome”. BMC Bioinformatics. 2019, 20, 112. (IF=3.169, 中科院大类三区（小类二区）, JCR Q1, CCF C类).
11. Li F, Guo X, Xiang D, Pitt EM, Bainomugisa A, Coin LJM. “Computational analysis and prediction of PE_PGRS proteins using machine learning”. Computational and Structural Biotechnology Journal. 2022. 20, 662-674. (IF=7.271, 中科院大类二区, JCR Q1).
12. Liu Q, Chen J, Wang Y, Li S, Jia C*, Song J*, Li F*. “DeepTorrent: a deep learning-based approach for predicting DNA N4-methylcytosine sites”. Briefings in Bioinformatics. 2021, 22(3), bbaa124. (IF=13.994, 中科院大类一区, Top期刊, CCF B类) (Clarivate高被引论文).
13. Liu Q, Fang H, Wang M, Li S, Coin LJM, Li F*, Song J*. “DeepGenGrep: a general deep learning-based predictor for multiple genomic signals and regions”. Bioinformatics. 2022, in press. (IF=6.937, 中科院大类二区（小类一区）, Top期刊, JCR Q1, CCF B类)
14. Jia C, Bi Y, Chen J, Leier A, Li F*, Song J*. “PASSION: an ensemble neural network approach for identifying the binding sites of RBPs on circRNAs”. Bioinformatics. 2020, 36(15), 4276-4282. (IF=6.937, 中科院二区（小类一区）, Top期刊, JCR Q1, CCF B类).
15. Peng X, Wang X, Guo Y, Ge Z*, Li F*, Gao X*, Song J*. “RBP-TSTL is a two-stage transfer learning framework for genome-scale prediction of RNA-binding proteins”. Briefings in Bioinformatics. 2022, bbac215. (IF=13.994, 中科院大类一区, Top期刊, CCF B类).
16. Wang X, Li F*, Xu J, Rong J, Webb GI, Ge Z*, Li J, Song J*. “ASPIRER: a new computational approach for identifying non-classical secreted proteins based on deep learning”. Briefings in Bioinformatics. 2022, 23(2), bbac031. (IF=13.994, 中科院大类一区, Top期刊, CCF B类).
17. Jia C, Zhang M, Fan C, Li F*, Song J*. “Formator: predicting lysine formylation sites based on the most distant undersampling and safe-level synthetic minority oversampling”. IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics. 2021 18(5), 1937-1945. (IF=3.71, 中科院三区（小类二区）, JCR Q1, CCF B类).
18. Mei S†, Li F†, Xiang D, Ayala R, Faridi P, Webb GI, Illing PT, Rossjohn J, Akutsu T, Croft NP, Purcell AW, Song J. “Anthem: a user customised tool for fast and accurate prediction of binding between peptides and HLA class I molecules”. Briefings in Bioinformatics. 2021, 22(5), bbaa415. (IF=13.994, 中科院大类一区, Top期刊, JCR Q1, CCF B类).
19. Liang X†, Li F†, Chen J, Li J, Wu H, Li S, Song J, Liu Q. “Large-scale comparative review and assessment of computational methods for anti-cancer peptide identification”. Briefings in Bioinformatics. 2021, 22(4), bbaa312. (IF=13.994, 中科院大类一区, Top期刊, JCR Q1, CCF B类).
20. Zhang M†, Jia C†, Li F†, Li C†, Zhu Y, Akutsu T, Webb GI, Zou Q, Coin JML, Song J. “Critical assessment of computational tools for prokaryotic and eukaryotic promoter prediction”. Briefings in Bioinformatics. 2022, bbab551. (IF=13.994, 中科院大类一区, Top期刊, JCR Q1, CCF B类).
21. Yan Zhu†, Li F†, Xiang D, Akutsu T, Song J, Jia C. “Computational identification of eukaryotic promoters based on cascaded deep capsule neural networks”. Briefings in Bioinformatics. 2021, 22(4), bbaa299. (IF=13.994, 中科院大类一区, Top期刊, JCR Q1, CCF B类).
22. Zhang M†, Li F†, Marquez-Lago TT, Leier A, Fan C, Chou KC, Song J, Jia C. “MULTiPly: a novel multi-layer predictor for discovering general and specific types of promoters”. Bioinformatics. 2019, 35(17), 2957-2965. (IF=6.937, 中科院大类二区, Top期刊, JCR Q1, CCF B类) (Clarivate高被引论文).
23. Song J†, Li F†, Leier A, Marquez-Lago TT, Akutsu T, Haffari G, Chou KC, Webb GI, Pike RN. “PROSPERous: high-throughput prediction of substrate cleavage sites for 90 proteases with improved accuracy”. Bioinformatics. 2017, 34(4), 684-687. (IF=6.937, 中科院大类二区（小类一区）, Top期刊, JCR Q1, CCF B类) (Clarivate高被引论文).